Азиатско-Тихоокеанское экономическое сотрудничество придерживается в своей деятельности двух главных принципов: согласование односторонних мер и открытого регионализма. Первый принцип нужен для благотворного развития сотрудничества и снятия ограничений на продвижение товаров, людских и денежных потоков внутри стран АТР. В то же время этот принцип имеет сочетание с соблюдением принципов ВТО, в совокупности с отказом от протекционизма в отношении тех государств, которые к союзу отношения не имеют.

А второй принцип основан на том, что все участники АТЭС могут сами выбирать приемлемые для них темпы финансовой и торговой либерализации. Как результат, скорость продвижения межправительственной организации на пути к интернационализации зависит от потребностей и возможностей более отсталых. Эти принципы видимо и повлияли на то, что Секретариат АТЭС не особо велик и у него нет тех полномочий, которые смогли бы ему дать возможность добиваться от членов союза выполнения всех решений, которые приняты на основе консенсуса стран-союзников.